Der Ausdruck Seele hat vielfältige Bedeutungen, je nach den unterschiedlichen mythischen, religiösen, philosophischen oder psychologischen Traditionen und Lehren, in denen er vorkommt. Im heutigen Sprachgebrauch ist oft die Gesamtheit aller Gefühlsregungen und geistigen Vorgänge beim Menschen gemeint. In diesem Sinne ist „Seele“ weitgehend mit dem Begriff Psyche gleichbedeutend. „Seele“ kann aber auch ein Prinzip meinen, von dem angenommen wird, dass es diesen Vorgängen zugrunde liegt und sie ordnet sowie auch körperliche Vorgänge herbeiführt oder beeinflusst.
Darüber hinaus gibt es religiöse und philosophische Auffassungen, in denen sich „Seele“ auf ein immaterielles Prinzip bezieht, welches das Leben eines Individuums und seine durch die Zeit hindurch beständige Identität bewirkt. Damit kann die Annahme verbunden sein, die Seele sei hinsichtlich ihrer Existenz vom Körper und damit auch dem physischen Tod unabhängig und mithin unsterblich. Manche Traditionen gehen davon aus, dass die Seele bereits vor der Zeugung existiert. In einem Teil dieser Lehren macht die Seele allein die Person aus; daher wird der Körper als unwesentlich oder als Hindernis für die Seele betrachtet.
Das deutsche Wort Seele stammt von einer urgermanischen Form *saiwalō oder *saiwlō ab. Diese ist einer Hypothese zufolge von dem ebenfalls urgermanischen *saiwaz (See) abgeleitet; der Zusammenhang soll darin bestehen, dass nach einem altgermanischen Glauben die Seelen der Menschen vor der Geburt und nach dem Tod in bestimmten Seen leben. Unklar ist allerdings, wie verbreitet dieser Glaube war; daher wird der Zusammenhang in der Forschung nicht allgemein akzeptiert, zumal eine Verbindung zwischen dem Totenreich und *saiwaz (bzw. davon abgeleiteten Formen) in germanischen Quellen nicht bezeugt ist. Es wird ein Zusammenhang mit lappisch saivo angenommen, einem urnordischen Lehnwort, das ein Totenreich bezeichnet.
Schon im Althochdeutschen und Mittelhochdeutschen waren formelhafte Wendungen wie „mit (oder an) Leib und Seele“ häufig, die sich im Sinne von „völlig, ganz und gar“ nachdrücklich auf den gesamten Menschen beziehen. Der seit dem Spätmittelalter beliebte Ausdruck „schöne Seele“ hat antike (nobilitas cordis), altfranzösische (gentil cuer) und mystische (edeliu sêle) Wurzeln und tritt in der Variante der edelen herzen bei Gottfried von Strassburg († um 1215) programmatisch auf. Im 14. Jh. wird „schöne Seele“ in der Mystik üblich. In religiösem Sinne wird der Begriff noch im Pietismus verwendet, so etwa von Susanna Katharina von Klettenberg, einer Freundin von Goethes Mutter. Seit dem 17./18. Jahrhundert bezeichnet „Seele“ häufig den ganzen Menschen („er ist eine gute Seele“ u. ä., „keine Seele“ für „niemand“).
Die Strömung der Empfindsamkeit im Zeitalter der Aufklärung gebrauchte „schöne Seele“ auch in einem weiteren, nicht mehr nur religiösen Sinne zur Kennzeichnung eines empfindsamen und tugendhaften Gemüts bzw. Menschen. Schiller bezeichnet mit der „schönen Seele“ den Einklang von Sinnlichkeit und Sittlichkeit. In diesem Sinne deutet Hegel in seinen theologischen Jugendschriften Jesus. Sarkastisch formuliert dagegen Nietzsche: „zu fordern, dass Alles 'guter Mensch', Heerdenthier, blauäugig, wohlwollend, 'schöne Seele' – oder, wie Herr Herbert Spencer es wünscht, altruistisch werden solle, hiesse dem Dasein seinen grossen Charakter nehmen, hiesse die Menschheit castriren und auf eine armselige Chineserei herunterbringen. – Und dies hat man versucht! … Dies eben hiess man Moral.“ Nach der Meinung von Theodor W. Adorno und Max Horkheimer gewährte die bürgerliche Gesellschaft der Frau „Aufnahme in die Welt der Herrschaft, aber als gebrochene“, und lobte sie dann als schöne Seele; hinter dieser Fassade habe sich jedoch die Verzweiflung der Frau über ihre Unterjochung verborgen.
Im 20. Jahrhundert hat sich durch den Sprachgebrauch der Psychologie das Fremdwort „Psyche“ eingebürgert. Es steht für eine nüchternere, eher wissenschaftlich orientierte Betrachtung des menschlichen Innenlebens ohne den gefühlsbetonten Beiklang von „Seele“. Der Unterschied zwischen Psyche und Seele wird beispielsweise bei Goethe deutlich, der seine Figur der Iphigenie auf Tauris ausrufen lässt:
Hier wäre auch nach dem Sprachgefühl heutiger Leser „das Land der Griechen mit der Psyche suchend“ unpassend.